1996-97赛季，因受伤奥尼尔的表现普通。
1997-98赛季，里克·福克斯（Rick Fox）和罗伯特·霍里（Robert Horry）来到湖人队，加强了球队的进攻力气。在这个NBA赛季，奥尼尔和队友协作获得61场成功，但是在西部决赛被犹他爵士队以0-4击败。
1998-99赛季，湖人得到前公牛球员丹尼斯·罗德曼（Dennis Rodman）的加盟，球队亦获得31胜19负的成果（该赛季因停摆而减少至50场），进入季后赛。虽然在西部第一轮以3-1击败休斯敦火箭，但第二轮却0-4遭圣安东尼奥马刺扫地出局。
1999-00赛季，湖人得到前公牛教练菲尔·杰克逊（Phil Jackson）加盟，疾速令球队表现回勇。2000年3月7日，在对阵快船的竞赛中奥尼尔迎来迸发，全场35投24中、罚球22罚13中，砍下61分和23个篮板，率队大胜快船，而这一天也是奥尼尔28岁的华诞。这个赛季的奥尼尔出战79场，场均砍下29.7分13.5个篮板3次封盖，其中得分数据发明了个人单赛季场均最高纪录。那一年也获得全明星赛（与蒂姆·邓肯共同具有）及常规赛的最有价值球员奖，场均得到29.7分、13.6篮板。球队以67胜15负排名西部第一的成果闯入季后赛。奥尼尔在23场季后赛中均匀每场30.7分，2.4个盖帽，15.4个篮板，56.6%的投篮命中率，他连续打败2米18的弗拉德·迪瓦茨，颠峰时期的克里斯·韦伯，2米18的卢克·郎利，2米23的阿维达斯·萨博尼斯，2米11的防卫悍将拉希德·华莱士，在这些对手无数的包夹和犯规下，挺进NBA总决赛。在2000年6月20日的总决赛竞赛里，奥尼尔得到40分24个篮板的数据，但在46分钟的上场时间里他却39次站上罚球线，发明了NBA历史纪录。在过去20年季后赛征程中，奥尼尔之外单场罚球30次以上的球员都不曾呈现过。而整个系列赛在面对步行者队2米21的荷兰长人瑞克·史密茨、防卫悍将戴尔·戴维斯以及其他球员“无赖”似的防卫下，奥尼尔均匀每场砍下38分，16.7个篮板的数据，荣获总决赛MVP的称号。成为自1998年乔丹以后，第一位同一个赛季包括赛季一切“最有价值球员奖”的球员，从而成为奥尼尔生活最佳赛季。
2000-01赛季，奥尼尔在西部季后赛的竞争中打败国王、开辟者、马刺挺进总决赛，总决赛面对76人阵中，取得赛季最佳防卫球员及篮板王的迪肯贝·穆托姆博，奥尼尔在5场竞赛中得到33分，15.6个篮板。其中在2001年6月9日的决赛竞赛中，19投12中拿到了28分、20个篮板、9次助攻、8次封盖的准“四双”数据。处于巅峰时期的“大鲨鱼”，也带领球队夺得了总冠军。而当年湖人15胜1负的成果也发明了季后赛历史最佳战绩，而在这16场季后赛竞赛中奥尼尔场均得到30.4分，3.2个助攻，15.4个篮板，56.6%的命中率。
2001-02赛季，奥尼尔又带领湖人夺冠，总决赛面对网队均匀每场竞赛36.3分，12.3个篮板。三连冠时期是奥尼尔生活的顶峰，固然各支NBA球队想尽方法以减低其场上攻守两端的能力，包括著名的“砍鲨战术（Hack-the-Shaq）”，但效果不大。在这三年的季后赛中，奥尼尔也与迈克尔·乔丹一样，连续三年获得总决赛最有价值球员奖（MVP）。
2002-03年赛季，奥尼尔因回绝在夏季停止脚趾的治疗手术，致使该季只能上阵67场竞赛，球队亦只获得50胜32负的成果，虽然其全明星队友科比·布莱恩特（Kobe Bryant）获得当时职业生活最佳的均匀每场30分的成果，但亦难以逃出西部第二轮被马刺队击败的厄运。球队后来以霍里为代罪羔羊，以保管奥尼尔的面子，但亦加深了他与科比之间的不和。
2003-04赛季，湖人得到卡尔·马龙（Karl Malone）及加里·佩顿（Gary Payton）的加盟，组成号称全联盟最强的梦境阵容，再次杀入总决赛。但结果出其不意，虽然32岁而且有腿伤的奥尼尔面对双华莱士的防卫得到26.6分、10.8板、1.6助攻和63%命中率的成果，但湖人在总决赛中还是以1-4败给底特律活塞队。湖人的“黄金阵容”亦于赛后宣布崩解。奥尼尔与科比的关系进一步恶化，到了无可挽回的地步了。随着湖人高层与奥尼尔的会谈以失败告终，“大鲨鱼”转会至迈阿密，湖人队的“奥尼尔时期”终结。
之后辗转于菲尼克斯太阳队、克里夫兰骑士队以及波士顿凯尔特人队。
2011年6月2日，“大鲨鱼”奥尼尔在“推特”上官宣告别战役了19年的NBA联盟。
2016年9月10日，沙奎尔·奥尼尔正式入选奈·史密斯篮球名人堂。
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